Für den Prozess gegen die Hauptkriegsverbrecher wurden große bauliche Veränderungen an dem Sitzungssaal vorgenommen. Die Richterbank wurde um 90 Grad gedreht und befand sich nun vor den Fenstern. Die Anklagebank wurde vergrößert und zahlreiche technische Einbauten vorgenommen. Dazu gehörte auch eine Anlage der Firma IBM, die eine Simultan-Übersetzung der laufenden Verhandlungen in vier Sprachen ermöglichte.
An verschiedenen Stellen wurden Fenster in die Wändes des Saales eingebaut, durch die Aufnahmen vom Prozessgeschehen gemacht wurden und direkte Rundfunkberichterstattung möglich war. In der linken Ecke befanden sich die durch Glasscheiben voneinander abgetrennten Dolmetscherplätze.
Vor einer in der Wand eingelassenen Filmleinwand an der Stirnseite des Saals befand sich der Zeugenstand, dem gegenüber in der Raummitte das Rednerpult stand, von dem aus Anklagevertretung und Verteidiger zum Gericht sprachen.
Die größte bauliche Veränderung an dem rundum holzvertäfelten Saal stellte jedoch die Vergrößerung des Zuschauerraums dar. Die Rückwand wurde herausgenommen und der untere Bereich als Pressetribüne mit 235 Plätzen erweitert. Gleichzeitig wurde eine Galerie eingezogen, auf der weitere 128 Besucher Platz fanden. Dieser Balkon schob sich an der Stelle in den Dachraum, an der heute vier Fenster in der Ausstellung einen Blick von oben in den Schwurgerichtssaal ermöglichen.