Während die jüdische Bevölkerung in den besetzten sowjetischen Gebieten fast ausnahmslos durch Massenerschießungen umgebracht wird, wird in Berlin im Herbst 1941 an Plänen zur systematischen Ermordung aller europäischen Juden gearbeitet. Die Deportation der Juden aus dem Reich beginnt im Oktober dieses Jahres. Die Bildfolge auf der rechten Seite zeigt die Deportation fränkischer Juden vom Bahnhof Märzfeld auf dem Reichsparteitagsgelände im November 1941.
Um die große Zahl polnischer Juden umzubringen, errichtet die SS drei reine Vernichtungslager nahe der ehemaligen sowjetischen Grenze: Belzec, Sobibor und Treblinka. Polnische Juden werden außerdem in den Vernichtungslagern Chelmno, Lublin-Majdanek und Auschwitz-Birkenau ermordet.
Zwischen Juli und Oktober 1942 werden allein in Treblinka mehr als 800 000 Juden umgebracht. Zum zentralen Ort der "Endlösung der Judenfrage in Europa" wird schließlich das Vernichtungslager Auschwitz-Birkenau, auch "Auschwitz II" genannt. Bis Herbst 1944 finden hier Juden aus ganz Europa den Tod – insgesamt etwa eine Million Menschen.
Im Februar und März 1943 werden 23 000 Sinti und Roma vor allem aus dem Deutschen Reich nach Auschwitz deportiert und dort im sogenannten Zigeunerlager isoliert. Die meisten sterben an Hunger und Krankheit; die letzen 3 000 Überlebenden werden im August 1944 in die Gaskammern geschickt.
Insgesamt verlieren von den in deutsche Hand gefallenen Juden mindestens sechs Millionen ihr Leben – durch Totschlag, Mord, Zwangsarbeit, Unterernährung und Krankheit. Etwas mehr als die Hälfte stirbt in den Vernichtungslagern. Die Gesamtzahl der ermordeten Sinti und Roma ist noch nicht eindeutig geklärt, die Schätzungen schwanken zwischen 100 000 und 500 000.